肛門粘膜由單層柱狀上皮組成（陰道粘膜由復層柱狀上皮組成），故肛交時陰莖和肛門粘膜劇烈而頻繁地摩擦，極易造成損傷，從而使精液及前列腺液中的HIV通過損傷處進入被插入者的血液，因此肛交被看作是HIV感染最高危的性活動。
如同陰莖——陰道性交和陰莖——口腔性交一樣，性伴接受的一方具有感染HIV更大的危險性，如上所述，男性同性戀者高的肛交頻率將其置于最易于感染HIV的境地。
然而，肛交在異性戀者中也經常進行。1991年的研究報告，指出我國城市夫妻中7%認可肛交行為，13%的夫妻認可肛交。另外，肛交經常是某些國家（如巴西和墨西哥）為了保持女性童貞，同時避免懷孕而采用的重要手段之一。
在這些國家，肛交的這些功能導致了危險性行為的增加，因為對青年人而言，和AIDS相比，他們更加關心懷孕。
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