目前對嗜酸細胞性胃炎的病因尚未完全闡明，近年研究認為此病可能與某種特殊食物致敏有關。由于食物過敏原與胃腸敏感組織接觸后，在胃腸壁內發生抗原抗體反應，與胃腸道中的特異性IgE抗體結合到組織中的肥大細胞膜上，使肥大細胞脫顆粒而釋放組織胺、緩激肽類血管活性物質，引起胃腸粘膜充血、水腫，嗜酸性粒細胞浸潤，以及胃腸平滑肌痙孿和粘膜分泌增加，從而引起一系列胃腸道癥狀。

　　常見的引起嗜酸細胞性胃腸炎的食物有豆粉、魚類、蛋類、禽類、燕類等。具體每一病人的病因會各不相同，各自有不同的致敏原，且對各種食物不一定有明確過敏，癥狀與過敏食物無明顯相關性，其真正病因尚亟待進一步研究證明。